Однажды китобой, занимющийся незаконным промыслом, решает взять с собой в море малолетнего сына, чтобы научить его `искусству` убивать китов. Но судьба распорядилась иначе — он сам становится объектом охоты кита-убийцы. Лишь дружба мальчика с косаткой спасает китобоя от неминуемой гибели.
Прошло два года с тех пор, как Вилли был выпущен на волю. Во время каникул Джесси с родителями отправляется на побережье, где люди часто видели одинокую косатку. Встреча старых друзей была радостной, но, к сожалению, недолгой: старый танкер сел на мель, и нефть, вытекающая из судна, поставила под угрозу жизнь Вилли и всех остальных обитателей океана.
Косатка, или как ещё называют это огромное морское животное, кит-убийца, был разлучен со своей семьей. Люди доставили его в парк развлечений, дали имя Вилли и ожидали, что смогут заработать на его представлениях кучу денег. В то же время зритель знакомится с мальчишкой Джесси, сбежавшим из дома и добывающим хлеб воровством и попрошайничеством.