Бокуши строит неприступную крепость, собирает в ней целый арсенал оружия и преданных ему ветеранов боевых действий. Правительство пытается проникнуть в организацию, чтобы узнать его планы. После нескольких неудачных попыток власти вербуют Нэша Кавано, бывшего спецназовца, который когда-то был учеником Бокуши.
После приключений под землей прошло семь лет. Случился дрейф континентов. Главные герои мультфильма, отделённые от стада, вынуждены использовать айсберг в качестве плота. Они пересекают океан и попадают в неизвестные им ранее земли с экзотическими животными и пиратами, враждебно настроенными к ним. Скрэту удаётся получить свой жёлудь, но он перемещается в новые для него земли.
К событиям «Ледникового периода 3» жизнь главных героев мультфильма потерпела некоторые изменения. Мамонты Манфред и Элли ожидают появление на свет своего детёныша; саблезубый тигр Диего впал в раздумье о том, не стал ли он слишком «мягкотелым» в компании своих друзей; ленивец Сид, бредя желанием создать собственное племя, решился украсть несколько яиц динозавра.